Details
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Type:
Improvement
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Status: Open
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Priority:
Major
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Resolution: Unresolved
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Affects Version/s: 2.11.2.7, 2.11.3.0, 2.12
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Fix Version/s: 2.12
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Component/s: file format issue, na
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Labels:None
Description
Per residue annotation in Rfam releases post 2020 include WUSS lines and other info:
URS0002311979_119072/1-94 G-GCUUAUCAAGAG-AGG-G-CG-----------------AGGGA--CUGG-CCCGA--CGAC-CCC--CGGCAACC----------AG-------------------------------------------------------AA---------AU--GGUGCCA-AUUC--CUG-CAGCG--------GAA-------
#=GR URS0002311979_119072/1-94 7EAF_A_SS (.(((((((....(..((.(.....................(((...{{{{.))).........)))..)(((..((..........(....................................................................)..)).)))....(}..}}}.(((((..................
Binding info:
#=GC SS_cons (.(((((((,,,,<.<<<.<.--.................-<<<_..AAAA.>>>--..----.>>>.>><<<<-<<.<.<<<._____.......................................................__>....>>>.--..>>>>>>,.,,<a..aaa.<<<<<<_.....____.......
#=GC RF c.ucUuAUcaAGAG.gGG.c.gG.................AGGGA..cuGG.CCCua..UGAA.gCC.cCgGCAACC.c.ccc.uuuuu.......................................................aag....ggg.Aa..GGUGCcA.AuuC..Cug.Cgggcca.....uaau.......
#=GC RNA_motif_k_turn ===================X.XX.................XX============XXX..XXXX.X=======================================================================================================================================
#=GC RNA_ligand_SAM =======X===X=============================================================X=======================================================================================XXX====================================
#=GC RNA_structural_elements [=P1=5p=][J1][========================P2=============================][======================================P3=variable=SL=========================================][J3][============================P4
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#=GC RF c.ucUuAUcaAGAG.gGG.c.gG.................AGGGA..cuGG.CCCua..UGAA.gCC.cCgGCAACC.c.ccc.uuuuu.......................................................aag....ggg.Aa..GGUGCcA.AuuC..Cug.Cgggcca.....uaau.......
#=GC RNA_motif_k_turn ===================X.XX.................XX============XXX..XXXX.X=======================================================================================================================================
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