Details
-
Type: Bug
-
Status: Open
-
Priority: Major
-
Resolution: Unresolved
-
Affects Version/s: 2.0.1
-
Fix Version/s: None
-
Component/s: jaba-cli
-
Labels:
Description
The output generated from DisEMBL has the prediction summary on the same line as the per-residue scores for each of #COILS, #HOTLOOPS and #REM465. This makes parsing the data non-trivial.
Example:
>sp|Q6UXQ4|CB066_HUMAN
#COILS 1-17, 35-56, 69-1010.798 0.675 0.775 0.745 0.639 0.761 0.753 0.814 0.644 0.6 0.561 0.523 0.503 0.477 0.462 0.443 0.435 0.426 0.408 0.378 0.33 0.295 0.244 0.195 0.152 0.103 0.095 0.093 0.122 0.157 0.211 0.267 0.334 0.395 0.457 0.511 0.567 0.614 0.646 0.663 0.669 0.673 0.677 0.679 0.686 0.703 0.729 0.762 0.783 0.787 0.774 0.747 0.703 0.647 0.58 0.506 0.43 0.351 0.271 0.218 0.175 0.156 0.161 0.206 0.243 0.291 0.346 0.406 0.47 0.541 0.598 0.651 0.696 0.722 0.737 0.752 0.752 0.759 0.769 0.782 0.787 0.798 0.815 0.822 0.823 0.817 0.794 0.761 0.71 0.656 0.607 0.565 0.526 0.488 0.458 0.452 0.452 0.453 0.459 0.45 0.434 0.418 0.404 0.386 0.361 0.344 0.331 0.319 0.289 0.42 0.298 0.291 0.297 0.391 0.384 0.472 0.82
#HOTLOOPS 0.395 0.163 0.349 0.18 0.137 0.215 0.209 0.088 0.115 0.109 0.086 0.086 0.08 0.071 0.07 0.072 0.064 0.06 0.057 0.053 0.045 0.038 0.027 0.018 0.015 0.008 0.005 0.007 0.011 0.014 0.017 0.017 0.023 0.041 0.051 0.055 0.064 0.085 0.112 0.143 0.187 0.219 0.231 0.24 0.251 0.262 0.262 0.258 0.251 0.242 0.21 0.179 0.155 0.139 0.123 0.109 0.099 0.069 0.038 0.026 0.021 0.021 0.016 0.021 0.018 0.032 0.04 0.051 0.062 0.07 0.077 0.081 0.082 0.08 0.082 0.083 0.082 0.081 0.076 0.074 0.069 0.079 0.08 0.082 0.083 0.081 0.078 0.073 0.066 0.06 0.057 0.051 0.044 0.039 0.041 0.043 0.052 0.06 0.072 0.075 0.076 0.086 0.09 0.095 0.094 0.09 0.086 0.083 0.07 0.058 0.097 0.064 0.103 0.154 0.173 0.191 0.383
#REM465 1-10, 39-570.81 0.655 0.688 0.727 0.496 0.471 0.449 0.406 0.435 0.424 0.408 0.399 0.403 0.393 0.382 0.367 0.343 0.319 0.301 0.26 0.225 0.194 0.175 0.151 0.128 0.115 0.103 0.1 0.098 0.104 0.117 0.14 0.164 0.183 0.205 0.224 0.237 0.262 0.288 0.306 0.315 0.325 0.331 0.324 0.323 0.316 0.326 0.338 0.337 0.319 0.302 0.285 0.26 0.251 0.234 0.205 0.183 0.167 0.153 0.132 0.132 0.134 0.154 0.17 0.185 0.194 0.206 0.211 0.215 0.226 0.222 0.201 0.194 0.199 0.186 0.185 0.188 0.217 0.247 0.293 0.333 0.363 0.394 0.416 0.448 0.47 0.474 0.461 0.462 0.448 0.431 0.437 0.428 0.451 0.45 0.468 0.491 0.492 0.5 0.501 0.515 0.534 0.551 0.545 0.553 0.543 0.554 0.542 0.529 0.527 0.457 0.556 0.461 0.593 0.516 0.696 0.764
Which should actually look like this:
>sp|Q6UXQ4|CB066_HUMAN
#COILS 1-17, 35-56, 69-101
0.798 0.675 0.775 0.745 0.639 0.761 0.753 0.814 0.644 0.6 0.561 0.523 0.503 0.477 0.462 0.443 0.435 0.426 0.408 0.378 0.33 0.295 0.244 0.195 0.152 0.103 0.095 0.093 0.122 0.157 0.211 0.267 0.334 0.395 0.457 0.511 0.567 0.614 0.646 0.663 0.669 0.673 0.677 0.679 0.686 0.703 0.729 0.762 0.783 0.787 0.774 0.747 0.703 0.647 0.58 0.506 0.43 0.351 0.271 0.218 0.175 0.156 0.161 0.206 0.243 0.291 0.346 0.406 0.47 0.541 0.598 0.651 0.696 0.722 0.737 0.752 0.752 0.759 0.769 0.782 0.787 0.798 0.815 0.822 0.823 0.817 0.794 0.761 0.71 0.656 0.607 0.565 0.526 0.488 0.458 0.452 0.452 0.453 0.459 0.45 0.434 0.418 0.404 0.386 0.361 0.344 0.331 0.319 0.289 0.42 0.298 0.291 0.297 0.391 0.384 0.472 0.82
#HOTLOOPS
0.395 0.163 0.349 0.18 0.137 0.215 0.209 0.088 0.115 0.109 0.086 0.086 0.08 0.071 0.07 0.072 0.064 0.06 0.057 0.053 0.045 0.038 0.027 0.018 0.015 0.008 0.005 0.007 0.011 0.014 0.017 0.017 0.023 0.041 0.051 0.055 0.064 0.085 0.112 0.143 0.187 0.219 0.231 0.24 0.251 0.262 0.262 0.258 0.251 0.242 0.21 0.179 0.155 0.139 0.123 0.109 0.099 0.069 0.038 0.026 0.021 0.021 0.016 0.021 0.018 0.032 0.04 0.051 0.062 0.07 0.077 0.081 0.082 0.08 0.082 0.083 0.082 0.081 0.076 0.074 0.069 0.079 0.08 0.082 0.083 0.081 0.078 0.073 0.066 0.06 0.057 0.051 0.044 0.039 0.041 0.043 0.052 0.06 0.072 0.075 0.076 0.086 0.09 0.095 0.094 0.09 0.086 0.083 0.07 0.058 0.097 0.064 0.103 0.154 0.173 0.191 0.383
#REM465 1-10, 39-57
0.81 0.655 0.688 0.727 0.496 0.471 0.449 0.406 0.435 0.424 0.408 0.399 0.403 0.393 0.382 0.367 0.343 0.319 0.301 0.26 0.225 0.194 0.175 0.151 0.128 0.115 0.103 0.1 0.098 0.104 0.117 0.14 0.164 0.183 0.205 0.224 0.237 0.262 0.288 0.306 0.315 0.325 0.331 0.324 0.323 0.316 0.326 0.338 0.337 0.319 0.302 0.285 0.26 0.251 0.234 0.205 0.183 0.167 0.153 0.132 0.132 0.134 0.154 0.17 0.185 0.194 0.206 0.211 0.215 0.226 0.222 0.201 0.194 0.199 0.186 0.185 0.188 0.217 0.247 0.293 0.333 0.363 0.394 0.416 0.448 0.47 0.474 0.461 0.462 0.448 0.431 0.437 0.428 0.451 0.45 0.468 0.491 0.492 0.5 0.501 0.515 0.534 0.551 0.545 0.553 0.543 0.554 0.542 0.529 0.527 0.457 0.556 0.461 0.593 0.516 0.696 0.764
Example:
>sp|Q6UXQ4|CB066_HUMAN
#COILS 1-17, 35-56, 69-1010.798 0.675 0.775 0.745 0.639 0.761 0.753 0.814 0.644 0.6 0.561 0.523 0.503 0.477 0.462 0.443 0.435 0.426 0.408 0.378 0.33 0.295 0.244 0.195 0.152 0.103 0.095 0.093 0.122 0.157 0.211 0.267 0.334 0.395 0.457 0.511 0.567 0.614 0.646 0.663 0.669 0.673 0.677 0.679 0.686 0.703 0.729 0.762 0.783 0.787 0.774 0.747 0.703 0.647 0.58 0.506 0.43 0.351 0.271 0.218 0.175 0.156 0.161 0.206 0.243 0.291 0.346 0.406 0.47 0.541 0.598 0.651 0.696 0.722 0.737 0.752 0.752 0.759 0.769 0.782 0.787 0.798 0.815 0.822 0.823 0.817 0.794 0.761 0.71 0.656 0.607 0.565 0.526 0.488 0.458 0.452 0.452 0.453 0.459 0.45 0.434 0.418 0.404 0.386 0.361 0.344 0.331 0.319 0.289 0.42 0.298 0.291 0.297 0.391 0.384 0.472 0.82
#HOTLOOPS 0.395 0.163 0.349 0.18 0.137 0.215 0.209 0.088 0.115 0.109 0.086 0.086 0.08 0.071 0.07 0.072 0.064 0.06 0.057 0.053 0.045 0.038 0.027 0.018 0.015 0.008 0.005 0.007 0.011 0.014 0.017 0.017 0.023 0.041 0.051 0.055 0.064 0.085 0.112 0.143 0.187 0.219 0.231 0.24 0.251 0.262 0.262 0.258 0.251 0.242 0.21 0.179 0.155 0.139 0.123 0.109 0.099 0.069 0.038 0.026 0.021 0.021 0.016 0.021 0.018 0.032 0.04 0.051 0.062 0.07 0.077 0.081 0.082 0.08 0.082 0.083 0.082 0.081 0.076 0.074 0.069 0.079 0.08 0.082 0.083 0.081 0.078 0.073 0.066 0.06 0.057 0.051 0.044 0.039 0.041 0.043 0.052 0.06 0.072 0.075 0.076 0.086 0.09 0.095 0.094 0.09 0.086 0.083 0.07 0.058 0.097 0.064 0.103 0.154 0.173 0.191 0.383
#REM465 1-10, 39-570.81 0.655 0.688 0.727 0.496 0.471 0.449 0.406 0.435 0.424 0.408 0.399 0.403 0.393 0.382 0.367 0.343 0.319 0.301 0.26 0.225 0.194 0.175 0.151 0.128 0.115 0.103 0.1 0.098 0.104 0.117 0.14 0.164 0.183 0.205 0.224 0.237 0.262 0.288 0.306 0.315 0.325 0.331 0.324 0.323 0.316 0.326 0.338 0.337 0.319 0.302 0.285 0.26 0.251 0.234 0.205 0.183 0.167 0.153 0.132 0.132 0.134 0.154 0.17 0.185 0.194 0.206 0.211 0.215 0.226 0.222 0.201 0.194 0.199 0.186 0.185 0.188 0.217 0.247 0.293 0.333 0.363 0.394 0.416 0.448 0.47 0.474 0.461 0.462 0.448 0.431 0.437 0.428 0.451 0.45 0.468 0.491 0.492 0.5 0.501 0.515 0.534 0.551 0.545 0.553 0.543 0.554 0.542 0.529 0.527 0.457 0.556 0.461 0.593 0.516 0.696 0.764
Which should actually look like this:
>sp|Q6UXQ4|CB066_HUMAN
#COILS 1-17, 35-56, 69-101
0.798 0.675 0.775 0.745 0.639 0.761 0.753 0.814 0.644 0.6 0.561 0.523 0.503 0.477 0.462 0.443 0.435 0.426 0.408 0.378 0.33 0.295 0.244 0.195 0.152 0.103 0.095 0.093 0.122 0.157 0.211 0.267 0.334 0.395 0.457 0.511 0.567 0.614 0.646 0.663 0.669 0.673 0.677 0.679 0.686 0.703 0.729 0.762 0.783 0.787 0.774 0.747 0.703 0.647 0.58 0.506 0.43 0.351 0.271 0.218 0.175 0.156 0.161 0.206 0.243 0.291 0.346 0.406 0.47 0.541 0.598 0.651 0.696 0.722 0.737 0.752 0.752 0.759 0.769 0.782 0.787 0.798 0.815 0.822 0.823 0.817 0.794 0.761 0.71 0.656 0.607 0.565 0.526 0.488 0.458 0.452 0.452 0.453 0.459 0.45 0.434 0.418 0.404 0.386 0.361 0.344 0.331 0.319 0.289 0.42 0.298 0.291 0.297 0.391 0.384 0.472 0.82
#HOTLOOPS
0.395 0.163 0.349 0.18 0.137 0.215 0.209 0.088 0.115 0.109 0.086 0.086 0.08 0.071 0.07 0.072 0.064 0.06 0.057 0.053 0.045 0.038 0.027 0.018 0.015 0.008 0.005 0.007 0.011 0.014 0.017 0.017 0.023 0.041 0.051 0.055 0.064 0.085 0.112 0.143 0.187 0.219 0.231 0.24 0.251 0.262 0.262 0.258 0.251 0.242 0.21 0.179 0.155 0.139 0.123 0.109 0.099 0.069 0.038 0.026 0.021 0.021 0.016 0.021 0.018 0.032 0.04 0.051 0.062 0.07 0.077 0.081 0.082 0.08 0.082 0.083 0.082 0.081 0.076 0.074 0.069 0.079 0.08 0.082 0.083 0.081 0.078 0.073 0.066 0.06 0.057 0.051 0.044 0.039 0.041 0.043 0.052 0.06 0.072 0.075 0.076 0.086 0.09 0.095 0.094 0.09 0.086 0.083 0.07 0.058 0.097 0.064 0.103 0.154 0.173 0.191 0.383
#REM465 1-10, 39-57
0.81 0.655 0.688 0.727 0.496 0.471 0.449 0.406 0.435 0.424 0.408 0.399 0.403 0.393 0.382 0.367 0.343 0.319 0.301 0.26 0.225 0.194 0.175 0.151 0.128 0.115 0.103 0.1 0.098 0.104 0.117 0.14 0.164 0.183 0.205 0.224 0.237 0.262 0.288 0.306 0.315 0.325 0.331 0.324 0.323 0.316 0.326 0.338 0.337 0.319 0.302 0.285 0.26 0.251 0.234 0.205 0.183 0.167 0.153 0.132 0.132 0.134 0.154 0.17 0.185 0.194 0.206 0.211 0.215 0.226 0.222 0.201 0.194 0.199 0.186 0.185 0.188 0.217 0.247 0.293 0.333 0.363 0.394 0.416 0.448 0.47 0.474 0.461 0.462 0.448 0.431 0.437 0.428 0.451 0.45 0.468 0.491 0.492 0.5 0.501 0.515 0.534 0.551 0.545 0.553 0.543 0.554 0.542 0.529 0.527 0.457 0.556 0.461 0.593 0.516 0.696 0.764