Uploaded image for project: 'JABAWS'
  1. JABAWS
  2. JWS-38

Disembl output runs two lines into one

    XMLWordPrintable

    Details

      Description

      The output generated from DisEMBL has the prediction summary on the same line as the per-residue scores for each of #COILS, #HOTLOOPS and #REM465. This makes parsing the data non-trivial.

      Example:
      >sp|Q6UXQ4|CB066_HUMAN
      #COILS 1-17, 35-56, 69-1010.798 0.675 0.775 0.745 0.639 0.761 0.753 0.814 0.644 0.6 0.561 0.523 0.503 0.477 0.462 0.443 0.435 0.426 0.408 0.378 0.33 0.295 0.244 0.195 0.152 0.103 0.095 0.093 0.122 0.157 0.211 0.267 0.334 0.395 0.457 0.511 0.567 0.614 0.646 0.663 0.669 0.673 0.677 0.679 0.686 0.703 0.729 0.762 0.783 0.787 0.774 0.747 0.703 0.647 0.58 0.506 0.43 0.351 0.271 0.218 0.175 0.156 0.161 0.206 0.243 0.291 0.346 0.406 0.47 0.541 0.598 0.651 0.696 0.722 0.737 0.752 0.752 0.759 0.769 0.782 0.787 0.798 0.815 0.822 0.823 0.817 0.794 0.761 0.71 0.656 0.607 0.565 0.526 0.488 0.458 0.452 0.452 0.453 0.459 0.45 0.434 0.418 0.404 0.386 0.361 0.344 0.331 0.319 0.289 0.42 0.298 0.291 0.297 0.391 0.384 0.472 0.82
      #HOTLOOPS 0.395 0.163 0.349 0.18 0.137 0.215 0.209 0.088 0.115 0.109 0.086 0.086 0.08 0.071 0.07 0.072 0.064 0.06 0.057 0.053 0.045 0.038 0.027 0.018 0.015 0.008 0.005 0.007 0.011 0.014 0.017 0.017 0.023 0.041 0.051 0.055 0.064 0.085 0.112 0.143 0.187 0.219 0.231 0.24 0.251 0.262 0.262 0.258 0.251 0.242 0.21 0.179 0.155 0.139 0.123 0.109 0.099 0.069 0.038 0.026 0.021 0.021 0.016 0.021 0.018 0.032 0.04 0.051 0.062 0.07 0.077 0.081 0.082 0.08 0.082 0.083 0.082 0.081 0.076 0.074 0.069 0.079 0.08 0.082 0.083 0.081 0.078 0.073 0.066 0.06 0.057 0.051 0.044 0.039 0.041 0.043 0.052 0.06 0.072 0.075 0.076 0.086 0.09 0.095 0.094 0.09 0.086 0.083 0.07 0.058 0.097 0.064 0.103 0.154 0.173 0.191 0.383
      #REM465 1-10, 39-570.81 0.655 0.688 0.727 0.496 0.471 0.449 0.406 0.435 0.424 0.408 0.399 0.403 0.393 0.382 0.367 0.343 0.319 0.301 0.26 0.225 0.194 0.175 0.151 0.128 0.115 0.103 0.1 0.098 0.104 0.117 0.14 0.164 0.183 0.205 0.224 0.237 0.262 0.288 0.306 0.315 0.325 0.331 0.324 0.323 0.316 0.326 0.338 0.337 0.319 0.302 0.285 0.26 0.251 0.234 0.205 0.183 0.167 0.153 0.132 0.132 0.134 0.154 0.17 0.185 0.194 0.206 0.211 0.215 0.226 0.222 0.201 0.194 0.199 0.186 0.185 0.188 0.217 0.247 0.293 0.333 0.363 0.394 0.416 0.448 0.47 0.474 0.461 0.462 0.448 0.431 0.437 0.428 0.451 0.45 0.468 0.491 0.492 0.5 0.501 0.515 0.534 0.551 0.545 0.553 0.543 0.554 0.542 0.529 0.527 0.457 0.556 0.461 0.593 0.516 0.696 0.764

      Which should actually look like this:
      >sp|Q6UXQ4|CB066_HUMAN
      #COILS 1-17, 35-56, 69-101
      0.798 0.675 0.775 0.745 0.639 0.761 0.753 0.814 0.644 0.6 0.561 0.523 0.503 0.477 0.462 0.443 0.435 0.426 0.408 0.378 0.33 0.295 0.244 0.195 0.152 0.103 0.095 0.093 0.122 0.157 0.211 0.267 0.334 0.395 0.457 0.511 0.567 0.614 0.646 0.663 0.669 0.673 0.677 0.679 0.686 0.703 0.729 0.762 0.783 0.787 0.774 0.747 0.703 0.647 0.58 0.506 0.43 0.351 0.271 0.218 0.175 0.156 0.161 0.206 0.243 0.291 0.346 0.406 0.47 0.541 0.598 0.651 0.696 0.722 0.737 0.752 0.752 0.759 0.769 0.782 0.787 0.798 0.815 0.822 0.823 0.817 0.794 0.761 0.71 0.656 0.607 0.565 0.526 0.488 0.458 0.452 0.452 0.453 0.459 0.45 0.434 0.418 0.404 0.386 0.361 0.344 0.331 0.319 0.289 0.42 0.298 0.291 0.297 0.391 0.384 0.472 0.82
      #HOTLOOPS
      0.395 0.163 0.349 0.18 0.137 0.215 0.209 0.088 0.115 0.109 0.086 0.086 0.08 0.071 0.07 0.072 0.064 0.06 0.057 0.053 0.045 0.038 0.027 0.018 0.015 0.008 0.005 0.007 0.011 0.014 0.017 0.017 0.023 0.041 0.051 0.055 0.064 0.085 0.112 0.143 0.187 0.219 0.231 0.24 0.251 0.262 0.262 0.258 0.251 0.242 0.21 0.179 0.155 0.139 0.123 0.109 0.099 0.069 0.038 0.026 0.021 0.021 0.016 0.021 0.018 0.032 0.04 0.051 0.062 0.07 0.077 0.081 0.082 0.08 0.082 0.083 0.082 0.081 0.076 0.074 0.069 0.079 0.08 0.082 0.083 0.081 0.078 0.073 0.066 0.06 0.057 0.051 0.044 0.039 0.041 0.043 0.052 0.06 0.072 0.075 0.076 0.086 0.09 0.095 0.094 0.09 0.086 0.083 0.07 0.058 0.097 0.064 0.103 0.154 0.173 0.191 0.383
      #REM465 1-10, 39-57
      0.81 0.655 0.688 0.727 0.496 0.471 0.449 0.406 0.435 0.424 0.408 0.399 0.403 0.393 0.382 0.367 0.343 0.319 0.301 0.26 0.225 0.194 0.175 0.151 0.128 0.115 0.103 0.1 0.098 0.104 0.117 0.14 0.164 0.183 0.205 0.224 0.237 0.262 0.288 0.306 0.315 0.325 0.331 0.324 0.323 0.316 0.326 0.338 0.337 0.319 0.302 0.285 0.26 0.251 0.234 0.205 0.183 0.167 0.153 0.132 0.132 0.134 0.154 0.17 0.185 0.194 0.206 0.211 0.215 0.226 0.222 0.201 0.194 0.199 0.186 0.185 0.188 0.217 0.247 0.293 0.333 0.363 0.394 0.416 0.448 0.47 0.474 0.461 0.462 0.448 0.431 0.437 0.428 0.451 0.45 0.468 0.491 0.492 0.5 0.501 0.515 0.534 0.551 0.545 0.553 0.543 0.554 0.542 0.529 0.527 0.457 0.556 0.461 0.593 0.516 0.696 0.764

        Attachments

          Activity

            People

            Assignee:
            pvtroshin Peter Troshin
            Reporter:
            chriscole Chris Cole
            Votes:
            0 Vote for this issue
            Watchers:
            0 Start watching this issue

              Dates

              Created:
              Updated: